Franziska Graf

Titel der Doktorarbeit

Identifizierung und Charakterisierung überlappender Gene in den Humanpathogenen Escherichia coli O157:H7 EDL933 und Pseudomonas aeruginosa PAO1

Projektbeschreibung

Kodierende Sequenzen, welche vollständig oder in Teilen auf demselben DNA Abschnitt liegen, werden als überlappende Gene bezeichnet. In bakteriellen Genomen treten Überlappungen von nur wenigen Basenpaaren sehr häufig auf. Beispiele für lange überlappende oder vollständig in einer bereits kodierenden Sequenz eingebettete Gene sind hingegen nur wenige bekannt. Es wird jedoch vermutet, dass lange überlappende Gene in Bakterien häufiger auftreten als bisher angenommen. Ziel des Projektes ist es, diese Hypothese durch die Identifizierung und Charakterisierung neuer überlappender Gene der Humanpathogenen Escherichia coli O157:H7 EDL933 und Pseudomonas aeruginosa PAO1 zu unterstützen. Hierbei werden neben klassischen Methoden der Genexpressionsanalyse, wie u.a. Western Blots und qPCR, auch Next-Generation-Sequencing-basierte Analysen zur Aufklärung von Transkriptions- und Translationsprofilen eingesetzt (RNA Sequencing, Ribosome Profiling).