Core Facility Mikrobiom

Die Core Facility Mikrobiom bietet eine moderne Forschungsplattform im Bereich der Hochdurchsatz-Sequenzierung. Die Expertise reicht von der Identifizierung einzelner Bakterienstämme, über die Zusammensetzung einer komplexen bakteriellen Gemeinschaft bis hin zu gezielten Studien über Funktionalität einzelner Bakterien oder Gemeinschaften in einem Wirtsorganismus oder anderen Habitaten.

Die bakterielle Diversität und Zusammensetzung lässt sich in biologischen Proben mittels einer Sequenzierung sehr gut erfassen. Dabei wird in der Regel das 16S rRNA Gen zu Grunde gelegt. Durch die Bestimmung der Basen-Abfolge aus einer Probe kann auf die Zusammensetzung der einzelnen Mikrobengemeinschaften geschlossen werden. Der Datensatz wird dabei mit der Illumina Technologie generiert und mittels selbst entwickelter bioinformatischen Programmen analysiert (https://www.imngs.org/). Die Zusammensetzung der Mikrobiota kann dann unter funktionellen Gesichtspunkten weiter untersucht werden. Ist beispielsweise die An- oder Abwesenheit bestimmter Bakterien mit funktionalen Gewinnen oder Verlusten verknüpft oder werden bestimmte Metabolite erzeugt?

Weitere Methoden, wie die Sequenzierung einzelner bakterieller Genome, die Sequenzierung der Transkripte (RNAseq), oder die Sequenzierung der aktiv translatierten mRNA (RIBOseq) stehen zur weiteren Identifizierung von Regulationswegen und aktiven Genen zur Verfügung.